目前，随着生产成本的上升，部分基本药物的价格已经接近利润盈亏平衡点。但药企是否出现整体亏损，人们仍然存疑。专家认为，在基本药物供应方面，应该实行更加灵活的政策，而不是将此单纯地推给追求利润的企业。目前，基本药物公开招标采购采用“双信封”制：投标人先中经济技术标入围， 然后再开商务标“最低价”中标。经济技术标书主要考察企业生产规模、配送能力、销售额等指标。只有经济技术标书评审合格的企业才能进入商务标书评审，商务标书评审实行网上远程开标，由价格最低者中标。“最低价中标原则，导致个别通过技术标评审的企业，在商务标评审阶段，拼命压低药价，搞恶意竞争。”省内某大型药企市场总监张伟(化名)接受记者采访时表示，“如果一种药品社会平均生产成本在1元左右，有些恶意竞争企业就会按照0.7元的价格竞标，结果导致自己垄断了市场，其他船用锅炉配件企业无法进入。”
恶意中标之后，药企的通常做法是，要么缩减中标产品的供应量，要么降低药剂实际的含药量，以减少企业因供应基本药物所带来的损失。这使得基层医疗单位的基本药物供应，始终处于紧张的状态。“每次联系配送企业，要求其提供药品，得到的答复不是生产企业停产，就是药品不卖给基层医疗单位。常用的廉价药和小众药品，都无法实现足量供应。”某县卫生局的工作人员向记者证实，有的品规是刚供了两三个月就开始断货，电话要货时有时无，不能保证足量供应。在药材原料上做文章，也是药企的另一种生存之道。由于西药中的含药量是一个区间值，只要药企降低药剂含药量没有超过这个区间，药品仍然合格。部分企业看到其中的空间，将有效成份含量压到最低域值，甚至在药材选择上以次充好。
据药企反映，我省在2011年进行了基本药物供应企业招投标后，没有再组织药企进行招投标。随着药材价格、人力成本和运输成本的上升，中标药企面临的压力越来越大。张伟表示，自己所在的企业生产的100片/瓶的黄连素片在我省首次基本药物招投标时，中标价格为2.85元/瓶，但目前，该品规黄连素片的生产成本已经达到了五六元。对于基本药物而言，药品的价格本来就已经很低。目前，只要基本药物的生产不影响企业的现金流，就会坚持生产。但企业16种中标品种，已经有4种出现了经营困难。人力成本和运输费用也是药品生产企业需要解决的困难。目前，船用锅炉运输费用在药品生产成本中的比重已经占到了3%，人力成本的比重更高。大部分低价基本药物已经到了利润盈亏平衡点上，成本1%的上浮，对药企都是一笔很大的负担。据了解，我省在基本药物采购初期，采取单一货源承诺的方式进行采购，中标企业获得供货区域内该药品的全部市场份额。但有生产企业本身并没有实现独家供应的能力，中标之后，只能扩大生产规模。暂时的盈利，隐藏着未来发展中的更大风险。